Stichting Vogelopvang Utrecht is een zelfstandige organisatie, die samenwerkt met andere organisaties die zich met (hulpbehoevende) wilde vogels bezig houden. Het bestuur wordt bijgestaan en gecontroleerd door de Raad van Toezicht, die momenteel bestaat uit een controleur van de Algemene Inspectiedienst en de dierenarts.
Elke vogel in de Vogelopvang, die nadere medische hulp behoeft, kan ten allen tijde bij dierenkliniek Hoograven gebracht worden. Verder bezoekt de arts de Vogelopvang wekelijks ter controle van de patiënten, de medicijnenvoorraad en de hygiëne.
Voor het Ministerie van Justitie is de opvang bevoegd de zogenaamde justitievogels op te vangen. Dit betreft vogels die in beslag genomen zijn door politie en Algemene Inspectiedienst bij bijvoorbeeld stropers of handelaren. Zolang de zaak onder de rechter is verzorgt de Vogelopvang de dieren.